Il laboratorio della microbiologia alimentare, opera nel campo dell'igiene alimentare e il suo obiettivo principale è la sicurezza alimentare. In particolare, il campo della microbiologia alimentare gioca un ruolo nella definizione e nell'attuazione di metodi e strategie per dare la misura della quantità e qualità dei rischi associati con il consumo di cibo, a seconda del grado di contaminazione microbica rilevata. Questo laboratorio, infatti, ha il compito di effettuare controlli volti a valutare lo stato di servizi igienico-sanitari dei prodotti della pesca, attraverso la ricerca di patogeni e microrganismi, responsabili per gli indicatori di rilevamento di batteri di origine alimentare, sia lo stato igienico dei prodotti in questione. L'attività viene eseguita su campioni ufficiali che provengono dall'applicazione di tutte le norme nazionali e internazionali in materia di protezione della salute pubblica.